Trước khi thực dân xâm lăng

Những cư dân trên quần đảo này đến từ châu Phi, Madagascar và vịnh Ba Tư, phần lớn là người Hồi giáo. Người Bồ Đào Nha khám phá ra quần đảo này năm 1503 và người Pháp đến đây năm 1517.

Thực dân Pháp và tiếp xúc châu Âu

Pháp lập chế độ bảo hộ từ năm 1886, Comoros trở thành vùng lãnh thổ hải ngoại của Pháp từ năm 1958.

Comoros Độc lập đến nay

Comoros tuyên bố độc lập năm 1975, riêng đảo Mayotte tuyên bố ở lại trong Cộng hòa Pháp trong cuộc trưng cầu ý dân năm 1976. Ahmed Abdallah được bầu làm Tổng thống tháng 7 năm 1975, bị một ủy ban cách mạng do Ali Soilih lãnh dạo truất phế tháng 8 năm 1975. Đến lượt Soilih bị cựu Tổng thống Abdallah lật đổ với sự giúp đỡ của lính đánh thuê nước ngoài tháng 5 năm 1978 và quần đảo lấy tên là Cộng hòa Liên bang Hồi giáo Comoros. Tháng 11 năm 1989, Tổng thống Abdallah lại bị chính quân lính đánh thuê ám sát và Said M. Djohar lên thay thế năm 1990. Sau nhiều tháng phản đối và xung đột với lực lượng an ninh, đảo Anjouan (Ndzouani) tuyên bố độc lập ngày 3 tháng 8 năm 1997. Tháng 7-1997, lực lượng của Tổng thống Mohamed Taki cố gắng chiếm lại đảo Anjouan nhưng thất bại. Taki tuyên bố tình trạng khẩn cấp. Các cuộc đàm phán hòa bình đầu năm 1999 giữa đại diện của đảo Anjouan và Chính phủ không mang lại kết quả nào.

Tháng 4 năm 1999, Đại tá Trali Assoumani cầm đầu cuộc đảo chính lật đổ quyền Tổng thống Tadjidine, Đảo Anjouan tiếp tục cuộc đấu tranh chống lại Chính phủ ở đảo Qomor Lớn trong cả năm 1999.

Tháng 3 năm 2000, Tổ chức Thống nhất châu Phi (OAU) cắt đứt liên lạc với Anjouan nhằm chấm dứt cuộc nổi dậy. OAU yêu cầu Tổng thống Assoumani áp đặt lệnh cấm vận thương mại và trao trả quyền lại cho giới dân sự tại Comoros. Tháng 2 năm 2001, Tổng thống ký một hiệp ước hòa giải với các nhà lãnh đạo chính trị ở ba đảo, kể cả nhà lãnh đạo nhóm li khai của đảo Anjouan, Đại tá Said Abeid. Tháng 3 năm 2002, một hiến pháp mới được thông qua, ba đảo được thống nhất lại. Mỗi đảo bầu một Tổng thống riêng và Assoumani được bầu làm Tổng thống liên bang.